這次九合一選舉因為加上公投案，讓整個選舉過程耗費將近10個小時，而且要全台許多投票所都出現大排長樓的現象，有些投票所甚至要排上好幾個小時才可以投到票，引發選多民眾不滿，認為這次中央選舉委員會沒有事先規劃好動線還有安排，才會造成這種現象！

再加上當時有些投票所傳出一邊投票一邊開票，讓人質疑是否有選舉不公的現象，這點更讓同樣是台北市候選人丁守中大喊不公，因為開票出來的結果讓他跟柯文哲的票數相差不到1萬，讓他覺得這次選舉根本無效，而且網路上也有許多網友爆料說那些票務人員竟然用這種方式在統計票數，跟他們一開始說的完全不一樣！

根據之前中選會所公布的影片，公投案的開票方式是先分類再唱票，並且不複誦、不劃記、會覆核，但有網友看到票務人員是直接坐在地板用數鈔票的方式在那邊統計，讓網友痛批：丟臉丟到國外去！

而根據影片跟照片的曝光也讓網友們在下面留言說，有些投票所甚至直接不給幾號幾號的公投案！讓網友痛罵說「這樣幹嘛還要辦公投，浪費人民的時間！」「把人民當白痴耍啊！」